醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)是醫(yī)學(xué)院創(chuàng)辦最早的專(zhuān)業(yè)，于1978年開(kāi)始招生。該專(zhuān)業(yè)在聯(lián)合國(guó)世界衛(wèi)生組織(WHO)注冊(cè)，畢業(yè)生可直接申請(qǐng)參加世界各國(guó)的臨床醫(yī)生執(zhí)業(yè)注冊(cè)考試。約50%的學(xué)生來(lái)自香港、澳門(mén)、臺(tái)灣和海外華僑。30多年來(lái)臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)培養(yǎng)出本科畢業(yè)生3000多人。近4年來(lái)我校臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)的學(xué)生參加全國(guó)臨床醫(yī)學(xué)技能大賽3次榮獲3等獎(jiǎng)，而且以張漢明、李展?jié)櫟葹榇淼漠厴I(yè)生已成為港澳地區(qū)杰出的醫(yī)學(xué)人才。近年來(lái)畢業(yè)生一次性就業(yè)率85%以上，除石牌校區(qū)本部班外，2010年本專(zhuān)業(yè)在附屬深圳醫(yī)院(深圳人民醫(yī)院)舉辦了深圳班，2011年又與廣東省第二人民醫(yī)院合作舉辦了省二醫(yī)班。

在建系初期，引進(jìn)了一大批全國(guó)知名的專(zhuān)家和學(xué)者，如：羅潛、李楚杰、任邦哲、何凱宣、鄺公道、朱師晦、郁知非、張愛(ài)誠(chéng)、李辰和黃愛(ài)廉等。經(jīng)過(guò)多年的建設(shè)，目前已形成“學(xué)士-碩士-博士-博士后”完整的高等醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)體系和醫(yī)學(xué)科研體系。其中臨床醫(yī)學(xué)為一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)和專(zhuān)業(yè)學(xué)位博士點(diǎn)。三級(jí)甲等附屬醫(yī)院由1個(gè)也發(fā)展到了7個(gè)，且擁有3個(gè)省部級(jí)重點(diǎn)學(xué)科(病理學(xué)與病理生理學(xué)、眼科學(xué)、血液病學(xué))、1個(gè)省部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(病理生理學(xué)實(shí)驗(yàn)室)、2個(gè)國(guó)家重點(diǎn)專(zhuān)科和5個(gè)廣東省醫(yī)學(xué)特色專(zhuān)科。2009年臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)被評(píng)為教育部特色專(zhuān)業(yè)，2012年入選首批教育部和衛(wèi)生部卓越醫(yī)生計(jì)劃。

臨床醫(yī)學(xué)系近幾年來(lái)引進(jìn)了一批海內(nèi)外高層次人才，下屬有9個(gè)基礎(chǔ)系(教研室)，教職工108人，其中教師系列具有博士學(xué)位的達(dá)90%以上，高級(jí)職稱(chēng)達(dá)90%，有省級(jí)教學(xué)名師1人，南粵優(yōu)秀教師2人。

現(xiàn)臨床醫(yī)學(xué)系有1門(mén)國(guó)家級(jí)精品課程，3門(mén)省級(jí)精品課程，12門(mén)校級(jí)精品課程。近3年獲973課題2項(xiàng)，863子課題1項(xiàng)，國(guó)家自然基金重大計(jì)劃培育項(xiàng)目1項(xiàng)，國(guó)家自然基金項(xiàng)目53項(xiàng)。被SCIE收錄的論文有271篇。主辦的國(guó)家級(jí)自然科學(xué)核心期刊—《中國(guó)病理生理雜志》，連續(xù)5年榮獲中國(guó)百種杰出學(xué)術(shù)期刊獎(jiǎng)。2011年臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)進(jìn)入ESI領(lǐng)域全球排名1%的行列。